Лиричная волшебница Наноха

История следует за Нанохой Такамачи, девятилетней ученицей начальной школы, чьё обычное существование меняется в мгновение ока. Она живет вместе с родителями и старшими братом и сестрой, пока её повседневность не сталкивается с необычным происшествием: она спасает раненого говорящего горностая, который оказывается магом по имени Юно Скрая. Юно, археолог из параллельной вселенной, прилетел на Землю, чтобы собрать двадцать одно Драгоценное Семя — древние и опасные артефакты, впервые найденные им в своём мире. Эти Семена наделяют сверхъестественными силами любых существ, кто с ними вступает в контакт, и нередко превращают их в монстров. Теперь раненый монстром Юно вынужден полагаться на Наноху, пока он восстанавливается в своей горностайной форме. В помощь он вручает ей Интеллектуальное устройство — волшебную палочку под названием Raising Heart. К удивлению обоих, Наноха быстро обнаруживает необычайный талант к магии. Так вдвоём они начинают сражаться с чудовищами и собирать Семена, не подозревая, что за ними гонятся и другие охотники.