Исчезновение Харухи Судзумии

В разгар декабря начинается новая глава школьной жизни под руководством Харухи Судзумии: бригада SOS анонсирует, что Рождество они отпразднуют в комнате клуба за праздничным столом и ужином. Все участники организации спешат привести дела в порядок и устроить торжество, продумывая меню, сценарий и расписание вечера. Спустя несколько дней по дороге в школу Кён начинает замечать цепочку странностей: разговор с Танигути не складывается, он внезапно заболел и не помнит вчерашний диалог. В классе Харухи нет, а Рёко Асахина вдруг «оживает» и занимает её место, общаясь с Кёном так, как будто ничего необычного не происходит. Микуру Асахина не узнаёт Кёна, а Нагато предстает обычной девушкой и единственным членом литературного кружка. Ни бригада SOS, ни Харухи не существовало в этой школе. Так мир начинает рушиться на глазах, вынуждая главного героя пересмотреть собственную реальность и отношение к окружающим.