Врата Штейна: Зона загрузки дежавю

События полнометражного фильма разворачиваются спустя год после концовки сериала. Главный герой Ринтаро Окабэ вновь сталкивается с мучительными воспоминаниями и увязает в разборе своих временных траекторий — он пересматривает допущенные ошибки и пытается понять, в чём именно он сомневался и что сделал неправильно. Вокруг него реальность словно колышется: каждый шаг будто возвращает его к тем же выбором, а границы времени начинают трещать. В это время Курису Макисэ возвращается в Японию после длительного отсутствия. Её настойчиво подсказывает чувство дежавю: неоспоримо доказательство того, что её возлюбленный существовал, и это ощущение не отпускает её. Она отчаянно ищет способы вернуть Окабэ в свою жизнь, а каждый новый эпизод приближает её к новым расхождениям между ожиданием и фактом. Удастся ли Макисэ добиться цели, или всё это приведёт к ещё более запутанному парадоксу — мы увидим в полнометражной версии «Врата Штейна: Зона загрузки дежавю».